A ACBEU é administrada por um Conselho Deliberativo formado por voluntários que ocupam posição de destaque em vários setores da comunidade, e é dirigida por uma Assembléia Geral formada por todos os membros da Associação, um Conselho Deliberativo e um Comitê Executivo. As quatro posições no Comitê Executivo são: Presidente, Vice-Presidente, Tesoureiro e Secretário. Este Comitê trabalha junto às áreas administrativa, cultural e acadêmica, para assegurar a continuidade da qualidade de trabalho na ACBEU.

Todos os membros do Conselho e do Comitê são brasileiros ou norte-americanos de destaque na comunidade. Além do Presidente há quatorze outros membros, dentre eles médicos, advogados, economistas, administradores de empresa, engenheiros, arquitetos e professores universitários.

Há eleições a cada três anos para escolher os integrantes do Conselho e do Comitê Executivo.

Conselho Deliberativo
Presidente	Arthur Guimarães Sampaio
Vice-Presidente	Renato Augusto Ribeiro Novis
Secretário	Durval Freire de Carvalho Olivieri
Membros	Adary Oliveira Alberto Nunes Vaz da Silva André Pedreira de Freitas Sá Antonio Luiz Paranhos Ribeiro Leite de Brito Arthur Guimarães Sampaio Celina Maria Fernandes da Cunha Basto Durval Freire de Carvalho Olivieri Jorge Calmon Moniz de Bittencourt Filho Renato Augusto Ribeiro Novis Reub Celestino da Silva Severino Cortizo Bouzas Tânia Mascarenhas Tavares Eugênio de Souza Kruschewsky - 1º suplente Francisco Soares Senna - 2º suplente Leonardo Dias da Silva Telles - 3º suplente
Membros Honorários	Edvaldo Brito Elmer Musser Pereira José Ramos de Queiroz
Comitê Executivo
Presidente	Arthur Guimarães Sampaio
Vice-Presidente	Renato Augusto Ribeiro Novis
Secretário	Durval Freire de Carvalho Olivieri
Tesoureiro	Jorge Calmon Moniz de Bittencourt Filho

O Superintendente Executivo é responsável pela administração geral do Centro Binacional e é o elo com o Conselho e o Comitê Executivo para assuntos operacionais do dia-a-dia.

O Superintendente Executivo é assessorado pelo Superintendente Acadêmico, o Coordenador de Unidade, e os membros do setor acadêmico, assim como coordenadores de outros departamentos.

Superintendentes
Superintendente Executivo	José Antônio Lago França
Superintendente Acadêmica	Athiná Arcadinos Leite